1 材料與方法
超凈工作臺(tái)(SW-CJ-1FD),上海博實(shí)業(yè)有限公司醫(yī)療設(shè)備廠產(chǎn) 品;凝 膠 成 像 儀 (GelDocXR)、梯 度 PCR 儀(T100),美 國(guó) Bio-Rad 公司產(chǎn)品;高速離心機(jī)(JW-2017H),安徽嘉文儀器 裝備有限公司產(chǎn)品;超低溫冰箱(DW-HL328),中科 美菱低溫 科 技 有 限 責(zé) 任 公 司 產(chǎn) 品;恒 溫 搖 床(HZ- 2011KA),太倉(cāng)市華利達(dá)實(shí)驗(yàn)設(shè)備有限公司產(chǎn)品;電 泳儀(DYY-6C),北京市六一儀器廠產(chǎn)品。
2 結(jié)果
本試驗(yàn)對(duì)3個(gè)候選的 DNA 條形碼片段cpn60、 recA 和ppsA 進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增和瓊脂 糖 凝 膠 電 泳 檢 測(cè)。候 選 基 因 的 長(zhǎng) 度 在530bp~1065bp。 其中recA 序 列 最 長(zhǎng),約 為1065bp;ppsA 序 列 最 短,長(zhǎng)度約為530bp;cpn60序列長(zhǎng)度約為555bp。 GC含量 ppsA 基 因 最 高,為 65%;其 次 是recA 和 cpn60,分別為59.1%和57.2%。序列變異位點(diǎn)數(shù)可 反 映 序 列 的 變 異 程 度,cpn60 變 異 位 點(diǎn) 數(shù) 最 多 (147);變異位點(diǎn)占總長(zhǎng)度的比例也最高(27.68%), 顯 著 高 于 recA(12.42%)和 ppsA(2.3%),提 示 cpn60基因可 為 物 種 提 供 更 多 的 鑒 別 信 息。此 外, cpn60基 因 的 PCR 擴(kuò)增測(cè)序成功率也是 最高的 (75.8%),更容易獲得。
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